Der Begründer des Eishin Ryu war Hayashizaki Jinsuke Minamoto Shigenobu. Er wurde im Jahre 1546 in einer Samuraifamilie in Okushû Dewa in der Provinz Sagame, Präfektur Yamagata, geboren. Mit 25 Jahren ging er zum Shinto-Schrein in Oshu, wo er 100 Tage mit Meditation und Gebet verbrachte. Begründend auf einer Vision, die er in einem Traum erlebte, entwickelte und lehrte er anschließend eine Serie von Schwerttechniken, die er Batto-Jutsu nannte. Seine Schule bezeichnete er selbst als Shimmei Muso Ryu, seine Schüler nannten sie auch Hayashizaki Muso Ryu. Unter seinem Einfluß und dem seiner besten Schüler entwickelten sich später verschiedene Iaido-Schulen. 

Seit seinem Tod wird er im Hayashizaki-Schrein in Murayama-shi in der Präfektur Yamagata als Shinto-Gott verehrt. Er war der erste Großmeister der Schule und seine Techniken wurden von damals bis hin zum heutigen dreiundzwanzigsten Großmeister in Folge traditionell weitergegeben. 

Einer der hervorragendsten Meister, der 7. Großmeister Hasegawa Mondonosuke Eishin, fügte dem Stil seine selbstentwickelte Technik hinzu und änderte den Namen auf Muso Jikiden Eishin Ryu. Nach dem 11. Großmeister Oguro Motoemon Kiyokatsu spaltete sich eine Seitenlinie von Muso Jikiden Eishin Ryu ab, die heute als Vorläufer einer weiteren großen Iaido-Schule, des Muso Shinden Ryu, gilt.